때는 1963년, 장소는 일본 요코하마의 언덕 위에 있는 작은 하숙집 코쿠리코장에 일어난 일이다.
코쿠리코장의 주인은 한 할머니이지만 실질적 운영자는 그녀의 큰손녀인 16세 소녀 우미이다.

하숙집 주인 할머니의 손녀 우미는 요코하마 내 고등학교인 코난 고등학교 2학년인 여고생으로 매일 아침이 되면 먼저 바다를 향해 안전한 항해기원 깃발을 올리며 돌아오지 않는 아버지를 그리워한다.
이후 하숙집 내의 식사를 만들고 하숙생들과 가족들의 도시락을 만드는 등 살림을 열심히 하는 우미. 우미를 포함한 가족들과 하숙생들은 우미가 만든 각자의 도시락을 받아들고 모두 각자의 일상을 보내러 나선다.